Pero los barcos disponibles eran insuficientes. Muchos se fueron a pique bajo los racimos humanos de que estaban sobrecargados. El patriarca de Jerusalén, Nicolás de Hanapes, dominico de la diócesis de Reims, después de haber sostenido durante el asedio, con un celo admirable, el valor de los cristianos, encontró refugio en una embarcación; pero movido por su caridad no podía decidirse a largar velas y seguía acogiendo a los que iban llegando, hasta el punto en que el barco se hundió.

La masa de la población quedó a merced de los furores de los mamelucos. Aquel día fue terrible pues las damas, las burguesas y las señoritas huían por las calles con sus hijos en brazos; enloquecidas y llorando corrían hacia el puerto…Y cuando los sarracenos los encontraban, uno tomaba a la madre y otro tomaba al niño; a veces llegaban a las manos disputándose a la mujer, luego se ponían de acuerdo degollándola. En otro lugar arrancaban de brazos de sus madres a los hijos que estaban mamando y los arrojaban bajo los cascos de los caballos.

Solamente el convento-fortaleza de los Templarios seguía resistiendo. Situado sobre el mar, con murallas enormes, era el reducto supremo. Después de la muerte del gran maestre, el mariscal del Temple, Pedro de Serví y el comendador Thibaut Guadin se parapetaron en él con los últimos sobrevivientes, luego de haber reunido al pie de las murallas todas las embarcaciones todavía disponibles. Todo el que pudo refugiarse en esa fortaleza, hombres, mujeres y niños, encontraron en ella su salvación, y de allí, con el rey Enrique II, se embarcaron para Chipre.

Durante varios días la fortaleza de los Templarios desafió todos los ataques. El sultán el-Achraf ofreció entonces a los Templarios una capitulación honrosa, con autorización para que se retiraran a Chipre. El acuerdo fue concluido sobre esas bases. Ya estaban los estandartes del sultán enarbolados en signo de armisticio sobre la torre principal, mientras que un emir, con un centenar de mamelucos, era admitido en la fortaleza como observador del embarque de los cristianos. Pero en la embriaguez de su triunfo esos mamelucos atentaron contra el honor de las damas francas. Ante este espectáculo, los caballeros indignados se arrojaron contra ellos, los ejecutaron, derribaron la bandera del sultán y cerraron las puertas. Y el mariscal Pedro de Svry se dispuso para un nuevo asedio.

El castillo, con sus defensores reducidos a la desesperación parecía imposible de tomar. El sultán el-Achraf recurrió a una felonía. De nuevo ofreció a Pedro de Serví una capitulación honrosa. Pedro cometió la imprudencia de fiarse de sus promesas. Se dirigió a el-Achraf con una parte de los suyos. En cuanto el sultán los tuvo en su poder los mandó decapitar. Entonces aquellos Templarios que habían quedado en la fortaleza, los heridos, los enfermos, los ancianos, decidieron resistir hasta la muerte.

El sultán tuvo que volver a empezar por tercera vez el asedio reforzando las minas. La base de las murallas estaban zapadas, paños enteros del muro se derrumbaron, los Templarios seguían resistiendo. El 28 de mayo la brecha era ya lo suficientemente ancha, el-Achraf lanzó al asalto final, pero el peso de las masas de mamelucos hizo ceder los túneles de las zapas y todo el edificio se derrumbó, enterrando bajo sus escombros, junto con los últimos Templarios, a las columnas de asalto. El “Temple de Jerusalén” tuvo para sus funerales dos mil cadáveres turcos.

Posteriormente, las demás plazas cristianas serían evacuadas sin combate. Tiro en mayo, Sidón en julio, Tortosa en agosto de 1291. Finalmente los Templarios mantendrían hasta 1303 el islote de Ruad, frente a Tortosa.